Département Universitaire de Médecine Générale de TOURS

Outils MeSH-dépendants : en « première ligne »

samedi 21 janvier 2006

Outils MeSH-dépendants : en « première ligne »

par Philippe Eveillard (la Revue du Praticien Médecine Générale du 21 avril 2003 n°611)

Une dizaine de sites ont franchi le pas et choisi le MeSH* comme langage d’indexation et d’interrogation de leur contenu. C’est la raison de leur qualificatif « MeSH-dépendants ».

Aujourd’hui, le thesaurus MeSH étend son influence sur l’espace documentaire médical. Le temps n’est plus où il n’était que le langage d’interrogation de MEDLINE. Désormais, les « meilleurs » sites médicaux ont adopté cet « espéranto » créé en 1966 pour que tout le monde désigne les mêmes entités sous le même vocable.

Cette appropriation de l’espace documentaire est une bonne nouvelle quand on sait que, faute de maîtrise des langages et des syntaxes, la majorité des praticiens continue de fouiller la décharge (la Toile visible) avec un bulldozer (Google). On aimerait bien leur apprendre à circuler dans les allées d’une bibliothèque idéale où chaque document serait à sa place et à la disposition de tous. Pour « chaque document à sa place », c’est gagné quand on s’adresse aux répertoires ou aux banques de données. Pour « à la disposition de tous », il faudra attendre une dizaine d’années, le temps que les efforts des partisans de l’Open Access aboutissent. Pour « l’apprentissage », la rubrique œuvre dans ce sens depuis 6 ans et le burn out de son animateur n’est pas à l’ordre du jour.

J’ai recensé 9 outils MeSH-dépendants, dont 4 répertoires, 4 banques de données et un métamoteur.

Les répertoires
Ils recensent des documents en texte intégral appartenant à la Toile visible. Ces documents sont indexés par des documentalistes professionnels à l’aide des descripteurs MeSH.

Les répertoires ont une grande qualité : l’adéquation entre la demande formulée par l’utilisateur et la réponse fournie par l’outil de recherche. Ils ont un grand défaut : le silence, c’est-à-dire l’absence de réponse alors que de nombreux documents correspondants à la demande existent sur la Toile.

CISMeF
Le répertoire du CHU de Rouen, pionnier de la Toile médicale française (1995), exemplaire sur le plan éditorial, recense l’essentiel des documents médicaux en provenance des « agences de santé » gouvernementales (sante.fr), des universités et des sociétés savantes.

Il peut être sollicité de façon simple par l’intermédiaire de son index alphabétique ou de façon sophistiquée grâce à ses fonctions avancées permettant de combiner descripteurs, qualificatifs et mots clés.
C’est l’outil de référence pour l’exploration de la Toile médicale francophone.

CliniWeb
Le répertoire de l’OHSU (Oregon Health Science University) propose deux modes de recherche : search (fenêtre d’interrogation) et browse (exploration d’une arborescence).

La fenêtre d’interrogation bénéficie de SAPHIRE, un outil de traduction et de mapping dont la table de correspondance est l’UMLS (Unified Medical Language System). Cet outil propose une liste de descripteurs MeSH (nord-américains) dont certains correspondent au mot clé. Il reste à l’utilisateur à cliquer sur le descripteur MeSH de son choix pour afficher les documents en rapport.

Exemples avec l’entrée de « maladie de Crohn », « ostéochondrite de hanche » ou « pied diabétique ».

L’exploration de l’arborescence du MeSH conduit au même résultat que l’entrée d’un mot clé dans la fenêtre d’interrogation. Seul le parcours est différent. Le plus souvent c’est la branche maîtresse « diseases » qui est explorée. Le premier niveau hiérarchique est facile à franchir : c’est la spécialité correspondant à la maladie. Après, il faut une certaine habitude pour avancer et ne pas hésiter à aller « ouvrir » les branches secondaires de l’arborescence.

DDRT
Diseases, disorders and related topics est le répertoire du Karolinska Institutet. Bien qu’hébergé en Suède, c’est un répertoire dont l’interface est en anglais et les sites recensés en majorité anglophones.

L’entrée se fait soit par la liste alphabétique des descripteurs MeSH, soit par l’exploration des branches de premier niveau hiérarchique de la branche maîtresse « diseases ». Pour chacune de ces branches (de premier niveau) sont proposées une liste de sites sur le thème de la spécialité puis une liste de documents correspondants aux différents descripteurs de la branche.

OMNI
Organising Medical Networked Information (OMNI) se définit comme la « passerelle d’accès aux ressources de qualité supérieure en médecine et santé ». Cette « passerelle » est développée par un groupe de spécialistes de l’information appartenant à la bibliothèque médicale de l’université de Nottingham.

Comme dans les autres répertoires MeSH-dépendants, une fenêtre d’interrogation tend les bras au premier visiteur qui passe. C’est la fonction « search » qui se décline en recherche simple et recherche avancée. Mais il y a aussi une fonction « browse by MeSH headings » qui se présente comme un index alphabétique des descripteurs MeSH.

Les banques de données
Les banques de données renferment soit des documents primaires (c’est-à-dire des documents dans leur intégralité) soit des documents secondaires (plus communément appelés notices ou « références »).

Le fonds documentaire de 33docpro, National Guideline Clearinghouse, l’infobanque AMC et DARE sont des banques de documents primaires (banques de données documentaires). MEDLINE est une banque de notices (banque de données bibliographiques).

33docpro
Le fonds documentaire de 33docpro rassemble les articles des 3 revues phare des éditions Jean-Baptiste Baillière : La Revue du Praticien - Monographie, La Revue du Praticien - Médecine Générale et le Concours Médical.

L’exploration du fonds peut emprunter 2 voies :
- soit la voie « royale », MeSH dépendante, où l’interrogation à l’aide d’un descripteur MeSH assure une réponse en parfaite adéquation avec la requête ;
- soit la voie « dégradée », Google dépendante dans le sens où elle fait appel à un outil de recherche qui explore l’ensemble du fonds à la recherche des mots clés déposés dans la fenêtre d’interrogation ; le risque est de déclencher une cascade de documents sans lien avec la requête, c’est ce qu’on appelle le « bruit ».

En réalité, la manœuvre astucieuse qui consiste à solliciter les deux voies représente un atout majeur pour celui qui souhaite naviguer entre pertinence et exhaustivité, spécificité et sensibilité, filon et décharge...

National Guideline Clearinghouse
Le National Guideline Clearinghouse (NGC) met à la disposition des intéressés 1 055 « Guideline summaries ».

L’interrogation de la banque de données se fait par l’intermédiaire d’une fenêtre (search) ou d’un parcours (browse) dans l’arborescence du MeSH. Les recommandations sont affichées au format « brief summary ». Mais, un simple clic de souris suffit pour afficher le format « complete summary » ou « full text ».

Infobanque AMC
Les guides de pratique mis en ligne par l’Association médicale canadienne (AMC) proviennent d’organismes du secteur de la santé, de sociétés savantes et d’agences gouvernementales.

Deux types de recherche (simple et avancée) permettent de combiner mots clés, descripteurs MeSH et spécialités. Les recommandations sont affichées en anglais et en français, avec une forte prédominance de documents en langue anglaise.

MEDLINE/PubMed
MEDLINE n’est plus à présenter.
Depuis la naissance de cette rubrique (avril 1997), cette banque de données a fait l’objet d’une dizaine d’articles. Pour l’essentiel, la banque de données bibliographiques de la National Library of Medicine recense les articles de la presse médicale internationale depuis 1966 (12 millions de notices). Elle peut être interrogée par de nombreuses interfaces, mais une domine toutes les autres depuis plusieurs années : PubMed.

Le métamoteur
Un métamoteur est un outil de recherche qui interroge simultanément plusieurs banques de données, sites de la Toile ou autres outils de recherche.

Deux métamoteurs médicaux ont acquis une certaine réputation : TRIP Database et SUMsearch. Seul ce dernier est « MeSH dépendant ».

SUMsearch
L’originalité de SUMsearch est d’explorer à la fois la Toile visible (e-medicine, National Guideline Clearinghouse, DARE) et la Toile invisible (MEDLINE). La banque de données bibliographiques MEDLINE est interrogée en utilisant des filtres qui cernent les thèmes au plus près (filtre « recommandations » ; filtre « revues méthodiques » ; filtre « essais cliniques contrôlés »).

* Lire « MeSH pratique : la méthode » dans La Revue du Praticien - Médecine Générale n° 610 du 14 avril 2003.


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